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图形数据库系统是实现有害物质科学管理的重要技术手段之一，对空间图形数据的管理是当前数据库和信息系统领域研究的热点和前沿。研究提出了一种将空间图形数据存入数据库的数据模型，实现了有害物质图形数据进行存储、查询等操作。最后，给出了一个采用该结构模型实现有害物质管理的敏捷式图形数据库系统，及其在有害物质信息系统领域的应用实例，对政府管理部门和企业识别和防范有害物质将起到良好的促进作用。