五味合化理论起源于中药之五味药性理论，后经历代医家实践和总结，逐渐形成以“辛甘化阳、酸甘化阴、辛开苦降”为代表的治法理论，其理论的形成贯穿于整个中医学的发展过程，是中医学理论体系中独具特色的组成部分。目前，关于五味合化理论发展源流系统整理的文献相对较少，相关文献多局限于某一治法治则源流梳理，缺乏整体系统的总结。针对目前现状，梳理与五味合化理论有关的古医籍文献，重点从历代著名医家寓有或明确有五味合化理论指导立法制方的文献论述入手，以方析法、以法会理，从萌芽、奠基、发展、成熟不同阶段以“辛甘化阳、发散、酸甘化阴、苦咸泻热、酸苦涌泄、辛开苦降”关键治法治则的发展源流体现五味合化理论的发展源流。立足于《伤寒论》桂枝汤类方、半夏泻心汤、甘草泻心汤、生姜泻心汤及《温病条辨》人参乌梅汤著名方剂，从分子生物学、宏基因组学、代谢组学等微观层面揭示五味合化理论的“辛甘化阳、酸甘化阴、辛开苦降”关键治法治则的科学内涵，从而达到由古至今、横向至纵向、宏观至微观等多层次梳理出五味合化理论的发展源流。通过关键治法治则的当代科学探索，发现五味合化理论的治法治则和诸多方剂均具有多途径、多靶点、多层次的效应机制。因此，系统掌握五味合化理论的发展源流有助于开展中药药性理论研究、临床实践，以及相关的科学研究。