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目的：研究用于中药色谱指纹图谱相似性分析的算法及其在FPGA上实现硬化。方法：液相色谱指纹图谱的原始数据存在很多种漂移和数据干扰，在进行相似度分析之前必须去除这些干扰因素，我们使用带阻滤波消除原始信号中的噪声，使用遗传算法实现图谱间指纹峰的匹配，并采用相关系、夹角余玄和相关系数作为相似度判别的标准。上述算法均可移植到FPGA上，借助FPGA内部计算与操作全过程可完全并行化的能力，实现该算法的高速运算操作。结果：经相关领域专家检验，认为夹角余弦与相关系数的评价结果比较接近，欧氏距离测度则具有较好的综合评价能