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【目的】揭示不同薰衣草品种的遗传多样性。【方法】利用ISSR分子标记技术对45个薰衣草品种的亲缘关系进行分析。【结果】45份材料DNA共扩增出83条谱带,平均每条引物扩增出9.2条带,多态性为60条带,多态性比例为72.29%。45份薰衣草品种两两之间的遗传距离值在0.663~0.988。群体的有效等位基因数(Ne)、基因多样度(H)、Shannon信息指数(I)分别为1.399 5、0.240 4和0.364 3。45个薰衣草品种在遗传距离0.72处可分为两类,第Ⅰ类包含44个品种,第Ⅱ类仅有1个品种。【结论】伊犁地区的45个薰衣草品种遗传多样性水平低,亲缘关系较近。