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自贸区是一国之内的特定政策和产业实验区,创新是自贸区的发展驱动力,文章选取福建与广东为研究对象,应用熵值法测度相似区位和政策目标下的创新能力差异,对区域合作、产业对接、投资吸引和贸易促进等要素展开实证分析,确定经济体量、产业完整度和资源匹配的影响要素,提出创新标准、政策均衡和加快发展等政策建议。