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为加强医学科学创新体系建设,打造一批临床医学与转化研究高地,2012年7月,国家科技部、原国家卫生计生委和原总后勤部卫生部共同启动国家临床医学研究中心的建设计划。2014年10月,上海长海医院成功入选第二批国家临床医学研究中心,成为国内3家国家消化系统疾病临床医学研究中心之一。国家消化系统疾病临床医学研究中心(上海)(以下简称中心)依托于上海长海医院(海军军医大学第一附属医院)。