目的 建立某高风险注射剂生产企业制药用水系统微生物数据库,为企业制药用水系统污染微生物的有效控制和溯源调查提供指导.方法 连续4个季度对某大容量注射剂生产企业的纯化水系统和注射用水系统监控收集微生物,采用基于16S rRNA和ITS rDNA序列比对等方法鉴定污染微生物,结合微生物种属和来源信息进行分析,建立企业制药用水系统的微生物菌库.结果 共分离鉴定1499株细菌和20株真菌,注射用水系统和纯化水系统的微生物分别占比9.0％和91.0％.纯化水系统中鞘氨醇单胞菌和甲基杆菌最多,分别占全部分离菌的28.9％和25.2％.注射用水系统中葡萄球菌和微球菌较多,分别占全部收集菌的24.9％和18.2％.纯化水系统中污染的微生物主要为革兰氏阴性菌,占污染微生物总数的67.0％.注射用水系统中污染的微生物主要为革兰氏阳性菌,占污染微生物总数的60.3％.制药用水系统中较为常见的真菌为杂色曲霉菌和产黄青霉.此外,经分析发现,纯化水系统的微生物在第二季度和第三季度数量占比较多,占全年微生物总量67.8％,第一季度和第四季度微生物数量则下降;注射用水系统微生物数量则在第二季度较多,其余3个季节数量差不多.结论 建立制药用水系统微生物菌库可指导制药用水系统的运行维护及消毒灭菌,同时也为高风险药品生产企业的微生物污染事件提供溯源调查基础.