【摘 要】
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[目的]分析数据非依赖性采集高分辨率色谱—质谱技术(DIA LC-MS)对根尖差异蛋白质样品检测的适用性,为深入研究烟草蛋白质组学提供技术支撑.[方法]以6个烟草品种(系)移栽后74 d的根尖组织为试验材料,采用DIA LC-MS法对裂解的蛋白质肽段进行扫描,从而分析该方法对根样组织的适用性.[结果]采用TCA/丙酮沉淀+SDT裂解法提取根尖总蛋白质,能得到横向条带平行性好,电泳条带清晰的蛋白质样品,样品等级评价均达到A级.构建的DDA数据库包含28042条肽段,共鉴定出7084个蛋白质.DIA数据的色谱
【机 构】
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贵州大学农学院 贵阳 550025;贵州省烟草品质研究重点实验室,贵阳 550025;浙江中烟工业有限责任公司,杭州 310000;贵州省烟草品质研究重点实验室,贵阳 550025;贵州大学烟草学院,
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[目的]分析数据非依赖性采集高分辨率色谱—质谱技术(DIA LC-MS)对根尖差异蛋白质样品检测的适用性,为深入研究烟草蛋白质组学提供技术支撑.[方法]以6个烟草品种(系)移栽后74 d的根尖组织为试验材料,采用DIA LC-MS法对裂解的蛋白质肽段进行扫描,从而分析该方法对根样组织的适用性.[结果]采用TCA/丙酮沉淀+SDT裂解法提取根尖总蛋白质,能得到横向条带平行性好,电泳条带清晰的蛋白质样品,样品等级评价均达到A级.构建的DDA数据库包含28042条肽段,共鉴定出7084个蛋白质.DIA数据的色谱峰平均数据点为7,平均的峰容量达260,主要肽段的保留时间(iRT)均被检测出,且整体较稳定,在Q值为0.01标准下的一致性评分(Cscore)为0.948,变异系数(CV)中值为11.5％(小于20.0％),相关系数大于0.9.DIA全息扫描模式下从6个烟草品种(系)的根尖组织中鉴定出的蛋白质数目为4149～5069个.[结论]DIA LC-MS分析鉴定的蛋白质范围广、数量大、可信度高,具有一定的可靠性和稳定性,各项质控指标均能达到试验分析要求,说明DIA LC-MS适用于烟草根尖蛋白质组样品的检测分析.
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