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随着分子生物学的发展和完善,微生物在生态系统中的作用越来越受到重视。目前,先进的分子生物学和物理技术的迅速发展已应用于环境微生物多样性等。生态微生物研究的主要目标为确定微生物的类型和多样性,然而,确定在一段时间内有效的微生物的定义以及微生物的作用或潜在影响,由于微生物学研究方法的复杂性和多样性,不知道如何选择这些方法。主要介绍和分析微生物响应分子生物学方法的多样性和功能。近年来,微生物学和单细胞水平的研究方法(如纳米二次离子质谱)为研究人员选择合适的研究方法来研究环境微生物提供了依据。