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用AM1半经验方法, 优化了吲哚和苯酚中性分子、正离子自由基和负离子自由基的几何构型. 用线性反应坐标近似和溶剂效应的类导体屏蔽模型(COSMO)构造吲哚正离子和苯酚中性分子间电子转移的双势阱, 用以估算多肽链中色氨酸和酪氨酸之间的电子转移的反应热和内重组能. 优化TrpH-(Pro)n-TyrOH(n=0～3) 多肽模型分子的结构和构象, 用能级分裂因子的极小值方法计算了这些多肽体系的电子转移矩阵元.