以污染环境犯罪一审判决书为样本,对该犯罪因果关系证明进行实证分析发现,这种证明往往依赖于环保行政机构的监测报告和数据以及行政鉴定机构的鉴定等证据材料。法官往往通过将污染环境的排放、倾倒、处置等污染原因行为与最新司法解释规定的污染损害后果相结合,进而对污染物质运作的因果关系进行判定和确认。实证研究发现的具体难题主要表现为:污染环境犯罪因果关系证明的证据空缺;证明责任的分配不合理与推定制度不完善;证明方法单一;环保监测数据、行政鉴定意见和专家辅助人在刑事诉讼中的应用不合理,以及法官的专业司法应对能力不足等。产生上述问题的原因主要是:污染环境犯罪因果关系的证明和认定错综复杂,相关刑事法规范中涉及因果关系证明及其认定的规则阙如,刑事司法具体应对措施缺少等。证明难题的应对方案包括:合理使用行政执法证据资源,通过对污染环境因果关系链条运行的对照分析来完善证据收集制度,改进和完善相关鉴定证据及环保监测报告在刑事诉讼中的使用,强调对逻辑推理、经验法则以及心证等证明方法的综合应用。