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C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位，对蛋白质的生物功能甚至起决定性作用。另外，C端剪切也是蛋白质重要的翻译后修饰之一。随着蛋白质组学研究的不断深入，蛋白质C端测序对其功能研究将发挥越来越重要的作用。一些新的蛋白质C端测序方法已建立，提高了灵敏度和重复性，能够在蛋白质组水平应用。本文较系统地介绍了蛋白质C端测序3种方法：羧肽酶法、化学法及串联质谱法的原理、特点、应用及在蛋白质组学研究中的新进展。随着C端测序新方法的不断建立，将在蛋白质组研究中发挥更大的作用。