目的应用宏基因组学二代测序（metagenomics next generation sequencing, mNGS）技术检测重症肺炎真菌感染患者病原体,探讨其诊断重症肺炎真菌感染的临床应用价值。方法重症肺炎真菌感染患者20例,其中经传统病原微生物培养（痰培养、肺泡灌洗液/胸腔积液培养）明确病原学17例,另3例符合临床诊断标准,但未明确病原学。收集患者肺泡灌洗液标本19例,胸腔积液1例,并采用mNGS进一步检测病原体。结果经传统病原学检测明确病原学17例中,7例肺孢子菌,4例白色念珠菌,3例曲霉菌,1例肺孢子菌混合鲍曼不动杆菌,1例根霉菌,1例隐球菌;另3例符合真菌感染临床诊断者,经mNGS确定病原体1例为肺孢子菌感染合并白色念珠菌,2例为肺孢子菌感染合并鲍曼不动杆菌感染。7例传统培养明确肺孢子菌感染标本中,mNGS检测发现3例同时合并曲霉菌感染。1例mNGS测定未发现真菌,而肺泡灌洗液中培养出霉菌菌丝。20例患者mNGS检测检出肺孢子菌11例,曲霉菌6例,念珠菌5例,根霉菌1例,新型隐球菌感染（胸腔积液标本）1例。曲霉菌核酸序列数分别为3、42、6 788、206、46、2条,测序深度为1～1.2,覆盖度为0.004%～11.000%;念珠菌核酸序列数分别为6、152、17、4、96条,测序深度为1～1.4,覆盖度为0.009%～18.000%;肺孢子菌核酸序列数分别为17、56 737、40、1 050、19 153、3 419、420、32 828、45 487、5、87条,测序深度为1～1.3,覆盖度为0.05%～16.00%;新型隐球菌1例,序列数52条;根霉菌1例,序列数11条。结论 mNGS可快速检测真菌感染的病原体,提高重症肺炎病原学诊断的敏感性,可作为传统微生物检测手段的有效补充方法。