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猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹性病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起猪的一种接触性肠道传染病。临床症状主要表现为发病猪腹泻、呕吐和脱水,其中对哺乳仔猪危害最为严重。近年来,该病在我国流行范围扩大,给养猪业造成了严重的经济损失。本研究针对2012-2014年福建省疑似发生PED的133个规模化猪场的发病情况进行统计以及对采集的285份腹泻病料进行RT-PCR检测,结果:约有92450头仔猪发生腹泻,死亡57230头,死亡率为61.90%,其中特大型规模猪场中小猪的病死率为51.31%,中小型规模猪场的病死率分别为66.64%和67.80%;2012年PEDV的阳性率为58.82%(60/102),2013年PEDV的阳性率为65.49%(112/171),2014 年 1-3 月 PEDV 的阳性率为 58.33%(7/12)。本研究对较有代表性的PEDV阳性的病料中分别克隆出了 14株PEDV S基因、19株PEDVE基因、18株PEDVM基因、16株PEDVN基因和17株PEDV ORF3基因,并进行了遗传变异分析。结果:14株PEDV毒株S基因中,2株由4158个核苷酸组成,其他12株均有4161个核苷酸组成。14株PEDV毒株S基因的核苷酸及推导的氨基酸与CV777标准株的同源性分别为92.4%～93.3%、92.8%～93.7%,与CV777标准株相比,存在多个氨基酸变异,有4-5个氨基酸插入,2个氨基酸缺失,有26-29糖基化位点,抗原表位没有明显差异。19株PEDV分离株E基因均由231个核苷酸组成,编码77个氨基酸,它们的核苷酸及推导的氨基酸序列与CV777标准株的同源性分别为96.2%～97.4%和98.7%～100%。18株PEDV分离株M基因均由681个核苷酸组成,编码227个氨基酸,它们的核苷酸及推导的氨基酸与CV777标准株同源性分别为96.5%～99.6%和98.2%～99.6%。16株PEDV分离株N基因均由1326个核苷酸组成,编码442个氨基酸,它们的核苷酸及推导的氨基酸与CV777标准株同源性分别为97.8%～99.6%和96.5%～98.2%。17株PEDV分离株ORF3基因均由685个核苷酸组成,编码225个氨基酸多肽,它们的核苷酸及推导的氨基酸与CV777标准株的同源性分别为98.2%～99.6%和95.1%～96.5%。遗传进化树表明:14株PEDV毒株的S基因、18株PEDV毒株M基因和17株PEDV毒株的ORF3基因与泰国流行毒株的亲缘关系较近,19株PEDV毒株E基因和16株PEDV毒株N基因与CV777标准株亲缘关系较近。14株PEDV毒株的S基因和17株PEDV毒株的ORF3基因变异程度较大,可能起源于泰国及韩国的变异株。结论:福建省当前在引起猪腹泻病原中,PEDV感染仍占主要地位。2012年至2014年,福建省PEDV流行毒株S基因变异程度较大,存在多个氨基酸变异、4-5个氨基酸插入和2个氨基酸缺失;M基因、E基因、N基因仍旧保守,主要以点突变为主,与国内外报道毒株基本一致;PEDV流行毒株以野毒为主,与疫苗株差异较大。