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本研究以蒙阴县益达兔业有限公司和山东农业大学联合培育的长毛兔的2个专门化品系为试验群体。样本为信息数据记录完整的种母兔609只,繁殖性状测定指标:产仔数、产活仔数、受胎率。产毛性状测定指标:胎毛产量、二刀毛产量、三刀毛产量、二刀毛粗毛直径、二刀毛绒毛直径、三刀毛粗毛直径、三刀毛绒毛直径。长毛兔的繁殖性状候选基因:MC4R、GDF-9、BMP-15、FSHR、GHR、ESR2、CAST、GNRHR、BMP6、RBP4,产毛性状候选基因:IGF、FAIM。将上述所有基因外显子和启动子进行克隆测序,一共筛选出53个SNPs位点。利用MALDI-TOF技术对22个SNPs进行质谱分型,并对SNP遗传效应进行分析。结果如下:1)本研究共发现位点3(IGF+EXON-3-1)、位点13(FAIM+EXON-5-1)、位点15(IGF+EXON-3-2)、位点20(FAIM+EXON-5-2)对产毛性状影响显著,位点1(MC4R+EXON-1)、位点19(GNRHR+EXON-1)对繁殖性状影响显著。FAIM和IGF基因上的单倍型与单倍型互作对产毛性状产生显著影响。2)B品系的三刀毛粗毛直径、三刀毛绒毛直径比A品系的高6.51μm和0.64μm,差异显著(P<0.05)。A品系的二刀毛产毛量比B品系的高13.36g,差异显著(P<0.05)。A品系的产仔数比B品系的高0.76只,差异显著(P<0.05)。在胎毛产量、三刀毛产量、二刀毛粗毛直径、二刀毛绒毛直径上两者差异不显著(P>0.05)。3)位点1和位点19的优势基因为T和A,在产仔数方面位点1的AT基因型比AA型和TT型分别高1.0876只和0.1653只,差异显著(P<0.05)。在产仔数方面位点19的AG型比AA型和GG型分别高0.4414只和1.6687只,差异显著(P<0.05)。突变位点13在A品系中TT型二刀毛产毛量比CC型的高25.6g,比CT型的高8.84g。在三刀毛粗毛直径方面,CT型比CC型和TT型分别高1.73μm和0.94μm。在三刀毛绒毛直径方面,TT型比CC型和CT型分别高1.73μm和0.94μm。差异显著(P<0.05)。突变位点20在A品系中,TT型二刀毛产毛量比CC型和CT型分别高25.6g和8.84g。在三刀毛产毛量方面TT型比CC型和CT型分别高19.08 g和11.23 g。在三刀毛绒毛直径方面TT型比CC型和CT型分别高1.73μm和0.94μm。差异显著(P<0.05)突变位点3在品系B种,CC型二刀毛产毛量比TT型高18.09g,比CT型高15.62g,差异显著(P<0.05)。突变位点13在品系B中,TT型的三刀毛粗毛直径比CC型高4.01μm,比CT型高1.57μm,差异显著(P<0.05)。突变位点15在品系B中,GG型的二刀毛产毛量比AA型高18.09g,比AG型高15.62g,差异显著(P<0.05)。突变位点20在品系B中,TT型的三刀毛粗毛直径比CC型高4.01μm,比CT型高1.57μm,差异显著(P<0.05)。4)利用Haploview version4.2软件对22个SNP位点进行连锁不平衡分析。IGF基因构建了2种单倍型,产生1种单倍型互作,这两种单倍型及单倍型互作在胎毛产量、二刀毛产量、三刀毛产量方面产生显著差异(P<0.05)。胎毛产毛量上CG*TA互作比CG单倍型和TA单倍型分别高6.18g和2.1g。二刀毛产量上CT*GA互作比CG单倍型和TA单倍型分别高10.55g和2.02g。在三刀毛产量方面CG*TA互作与其他单倍型有显著差异(P<0.05),CG*TA互作比CG单倍型和TA单倍型分别高8.65g和2.95g。FAIM基因构建了2种单倍型,产生1种单倍型互作。这两种单倍型及单倍型互作在胎毛产量、二刀毛产量方面产生显著差异(P<0.05)。在胎毛产毛量上TT*CC互作比两种TT单倍型分别高5.87g和3.53g。在二刀毛产毛量上TC*TC互作比两种TC单倍型分别高2.74g和14.18g。