样本数据包络分析方法是近年来提出的一种新的综合评价方法。它以数据包络分析方法(DEA)为基础，以已知样本前沿面为参照，拓展了原有的数据包络分析理论。尽管对该方法的研究正在不断深入，但以往研究对该方法应用于宏观经济综合效率评价方面的问题还未涉及。因此，这里首先提出了针对具有负输出指标的拓展的基于样本的多目标综合评价模型(SDEA)，其次，针对该模型讨论了样本单元数目及其输入输出指标数目的增加和减少对决策单元有效性影响的情况，同时给出了一些有效性变化的充分或必要条件。这将有助于判断样本单元数目或指标数目变化后的决策单元的有效性问题。最后，以该方法为基础，探讨了应用SDEA方法评价宏观经济发展综合效率的问题。建立了宏观经济发展综合效率评价指标体系，对内蒙古自治区宏观经济发展状况，从横向和纵向两个方面进行了综合效率评价分析。对于计算结果的分析表明，该方法能够在一定程度上反映宏观经济发展的综合效率问题，同时它还能够给出具有一定参考价值的分析结果。此外，还应用Delphi语言编制了宏观经济综合效率评价应用软件系统。