产业结构是当今社会经济发展水平最核心的标志。十八大报告指出产业结构转型升级是转变经济增长方式，提高经济发展效益，实现经济好快发展的核心环节。云南省位于中国西南边疆多民族聚居地区，由于历史和现实的原因，产业发展和产业结构不尽合理的问题需要改进。在西部大开发实施过程中，云南在面向西南开放的重要“桥头堡”战略引导下，研究产业结构转型升级，有利于促进云南省产业结构优化和转型升级，对实现云南省经济快速健康发展，具有重要研究价值。目前国内外研究产业结构转型升级主要集中在合理化和高度化，本文拟在高度化和合理化相关理论基础上，借鉴相关学者的研究成果，选取云南省2000-2012年的相关经济指标数据，采用基于AHP模型综合指数方法和因子分析法，建立包括两个一级指标，十六个二级指标组成的综合评价体系，对云南省产业结构转型升级存在的问题、产业结构转型升级的状态进行综合评价。研究得出当前云南省产业结构转型升级速度远远落后于全国平均水平，云南省在2000年到2012年期间，产业结构调整，整体得到不断优化，其中起主导核心作用的是产业结构合理化和产业结构高度化。影响产业结构转型的影响因素主要是技术进步类和产业特征类，可持续发展类因子。在实证分析的基础之上，针对云南省产业结构转型升级中存在具体的问题，提出相关的具体建议与对策。