通过2020-2021连续两年对甘肃省境内黄河流域、长江流域和内陆河流域主要水系展开较为全面的鱼类资源调查,旨在了解甘肃省鱼类多样性及分布特征,评估甘肃省内濒危鱼类多鳞白甲鱼（Onychostoma macrolepis）的遗传多样性水平,为濒危鱼类的有效保护和遗传育种提供参考依据。主要研究结果如下:1.本次资源调查共捕获鱼类3571尾,鉴定为41种,隶属于4目10科30属,其中鲤形目鱼类数量最多,有34种;其次为鲈形目鱼类,有4种;其他目鱼类数量较少。调查到国家级重点保护野生鱼类3种,分别为多鳞白甲鱼（Onychostoma macrolepis）、似鲇高原鳅（Triplophysa siluroides）和重口裂腹鱼（Schizothorax davidi）。通过对3条流域主要水系鱼类物种数统计显示,长江流域的物种数量最多,有22种,黄河流域和内陆河流域分别有19和20种。三条流域的生态类型以杂食性、底栖型的定居性鱼类最多,其繁殖习性主要是产黏性卵鱼类;鱼类区系分析结果表明,以中亚山地复合体和江河平原复合体鱼类为主,其次为古代新第三纪复合体鱼类。2.采用香农-维纳指数（Shannon-Wiener index）、玛格列夫指数（Margalef index）和皮尔诺指数（Pielou index）来分析三条流域的物种多样性。结果表明,甘肃省三条主要流域的鱼类物种多样性分布特征有显著性差异,其中长江流域鱼类的Shannon-Wiener多样性指数最高（H=3.66）,其次为内陆河流域（H=2.01）,而黄河流域Pielou均匀度指数最低（J=0.427）;三条流域各河段的Shannon-Wiener多样性指数中,以长江流域两当-徽县河段的多样性指数最高,而黄河流域车木峡-大庙河段指数最低。β多样性结果显示,黄河流域与长江流域、长江流域和内陆河流域间鱼类的生境差异较大（P＜0.05）,黄河流域与长江流域、内陆河流域和长江流域间鱼类出现一定程度的分化。3.通过对不同流域的渔获物数量和生物量统计显示,黄河流域鱼类物种间差异较显著（P＜0.05）,而长江流域物种间差异不显著（P＞0.05）。通过优势种分析发现,麦穗鱼（Pseudorasbora parva）和鲫鱼（Carassius auratus）属于内陆河流域的优势种和黄河流域的主要种,但这两种鱼类属于甘肃省非土著鱼类,推测外来物种可能对当地土著鱼类的生长繁殖构成了一定程度的威胁。通过对部分濒危鱼类体长和体重分析发现,甘肃省内的濒危鱼类和主要经济鱼类的小型化和低龄化现象明显。4.通过3种不同微卫星位点的筛选方法,在多鳞白甲鱼基因组上获得11个微卫星位点,分别为Pra 13,Pra 14,Pra 20,Pra 36,Pra 54,Pra 60,OSI 45,MIVA 11,BJY 57,BJY 63,BJY 96。应用11个微卫星位点在多鳞白甲鱼群体上扩增出78个等位基因,等位基因数在3-11之间,平均等位基因数为7.091;观测杂合度在0.316-0.970;期望杂合度在0.603-0.857,平均值为0.7597;多态信息含量（PIC）在0.542-0.838之间,平均值为0.7196;Hardy-Weinberg平衡检测结果表明,除位点BJY 63,Pra 36和Pra 60未偏离平衡外,其余8个位点均偏离平衡。5.本研究从100多对微卫星引物中初步筛选到9个可稳定扩增且有较高多态性的微卫星位点,经多态性检测发现,除Pra 36位点多态性较低外,其余8个位点均属于高度多态性位点（PIC＞0.5）。基于以上8个多态位点来分析多鳞白甲鱼2个地理群体的遗传多样性水平。结果显示,每个位点检测到的等位基因数分别为3-10不等;红崖河和梅园河多鳞白甲鱼群体中位点BJY 63的期望杂合度都较高,但红崖河群体中位点Pra 36的期望杂合度最低,为0.551;这两个群体的多态信息含量（PIC）在0.469-0.796之间。基于以上数据得出,本研究中多鳞白甲鱼2个地理群体的遗传多样性水平较高。综上所述,本研究结果补充了甘肃省主要水系中的鱼类资源数据,同时为濒危鱼类保护提供一定的理论参考。