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植物内生真菌因其特殊的生境成为天然产物的重要来源。茶树上分离到的一株内生真菌无花果拟盘多毛孢可以产生大量结构新颖的次级代谢产物,其中生物学活性良好的化合物有望成为药物的先导化合物。但是,无花果拟盘多毛孢作为典型的植物内生菌,其内生生存策略及产生丰富次级代谢产物的机制尚不清楚。本研究以茶树内生真菌无花果拟盘多毛孢为研究对象,通过基因组及转录组测序,利用生物信息学和分子生物学方法,系统解析了植物内生菌的内生生存策略、次级代谢产物多样性机制及重要次级代谢产物调控机制,主要研究结果如下：1.无花果拟盘多毛孢基因组特征。该菌基因组大小为52Mb,编码15,413个基因。转座子含量仅占基因组的1.54%,而重复诱导点突变发生的次数很高。该菌基因组和已测序的参考子囊菌相比有更多的多基因家族,而多数的旁系同源基因的氨基酸序列的一致性低于80%。2.无花果拟盘多毛孢内生生存策略的基因组基础。该菌基因组编码的碳水化合物活性酶数量多且种类丰富,其中参与果胶降解的蛋白家族和其他菌相比发生了显著的扩张并且大多都可分泌到胞外,据此推测内生菌可以利用宿主植物细胞间有限的果胶作为营养。该菌中的转运蛋白家族和参考菌株相比发生了扩张,这将提高其适应有限营养生态位以及与宿主交流的能力。3.无花果拟盘多毛孢基因组揭示其丰富的次级代谢产物。基因组分析表明该菌基因组编码了97个次级代谢的骨架基因,其中多数的基因分布在74个基因簇。推测的双烯加成反应酶和其他参考菌株相比也发生了扩张。聚酮合酶基因的多样性很高,这种多样性可能来源于基因的水平转移和复制。4.重要次级代谢产物的代谢调控机制。该菌中bZIP转录因子敲除突变株和野生型菌株相比对氧化剂叔丁基过氧化氢、偶氮二甲苯和甲基萘醌亚硫酸氢钠较抗而对过氧化氢则较敏感。在正常条件和氧化胁迫条件培养时,PfzipA突变株和野生型菌株中一些化合物的产量明显不同,表明转录因子PfzipA通过对氧化胁迫的应答途径调控次级代谢。无花果拟盘多毛孢的基因组数据,为认识植物内生菌的内生生活方式和内生菌次级代谢多样性提供了理论依据；同时也为将来研究次级代谢产物合成的途径和调控、新化合物的挖掘以及内生真菌与宿主的互作等提供数据支持。