民办高校的内部管理体制不仅关系到学校的生存和发展,还关系到教师、学生等其他相关主体的利益。其中,董事会和校长是民办高校的投资主体和办学主体,他们的关系状况决定了学校发展的方向。在实践中也存在一些问题,因此必须着重理顺这对关系。本文采用文献法、访谈法、文本分析法,从民办高校董事会、校长双方关系的现状出发进行调查研究,发现大多数民办高校的董事会尚未成为《民办教育促进法》要求的决策机构;董事会组织结构的合理性和运行的规范性有待改进;民办高校内部领导和管理形式多样化,但董事会与校长之间的权利、义务不平衡,决策缺乏科学性、民主性。影响两者关系的主要因素是学校产权归属、法律文化和其他传统文化、董事与校长的个人素质。谁拥有产权谁就拥有对民办高校的决策权;而法律文化和其他传统文化对董事会和校长之间的分权合作有制度和观念上的影响;双方的个人素质则对投资者赋权与办学者争取权利的主动性产生影响。通过研究,本文提出如下政策建议:第一,应重视董事会的组织建构和运行,以法律手段规范董事会组织结构的合法性和运行的规范性。第二,应继续完善董事会领导下的校长负责制,同时摸索多种管理体制和形式,包括董事会指导下的校长负责制等;家族式管理具有一定的合理性和现实性,应允许以家族式管理为基础的混合型管理方式的存在并加强对其规制和引导。第三,通过竞聘等方式选拔和引入职业校长,提高管理者素质,提升民办高校办学、管理、经营的效益。第四,借鉴国外经验,对民办高校实行营利性与非营利性的分类监管,使投资者理性办学,尤其要加强对营利性学校的监管,使其在教育的公益性和学校的经济效益之间达到适当的平衡。