医药制造业在国民经济发展中占据重要地位,医药产品是人类防御、治疗疾病的必需品,关系到亿万人民的健康,关系到千家万户的幸福。医药制造业是技术密集型产业,技术创新能力是其核心竞争力。目前,我国医药制造业在技术、设备和管理等方面还很落后,新药研发能力低,产品技术含量低,同质化现象严重,要实现我国医药制造业的健康持续发展,实现由“制药大国”向“制药强国”转变,就必须重视技术创新。虽然从整体上看我国医药制造业技术创新能力不断增强,技术创新效率不断提高,但不同地区、不同省份、不同子行业医药产业的技术创新能力有何差异?不同区域在有限的技术创新投入下产出如何?这些都是值得关注和探讨的问题。本文也正是为了解决这些问题,对我国医药制造业的技术创新能力、效率进行全面深入的实证研究。本文首先梳理了医药制造业技术创新相关理论,系统回顾了国内外相关研究,深入分析总结影响技术创新的因素,并对我国医药制造业的技术创新现状以及企业案例进行分析,在此基础上,建立医药制造业技术创新绩效评价指标体系。然后运用时序全局因子分析法,对1995-2014年不同区域、不同省市、不同子行业医药制造业的技术创新能力进行评价；而后运用DEA模型测算2012年我国医药制造业分区域、分省市、分行业、分所有制的技术创新效率,并进行聚类分析；接着运用基于DEA模型的Malmquist指数对1995-2014年我国医药制造业技术创新效率进行动态分析；最后,给出提高我国医药制造业技术创新能力和效率的可行性建议。通过研究可以发现,1995-2014年我国医药制造业技术创新能力不断增强,技术创新效率得到改善。从三大区域看,东部地区医药制造业技术创新能力最强,效率提升最快；从23省市看,江苏、浙江、山东、广东、天津、上海等省市医药制造业技术创新能力较强,技术创新效率提升相对较快；从三大子行业看,化学药品制造业技术创新能力最强,技术研发效率增长最快,技术转化效率出现下降。