同治三年(1864年),在库车地区发生回民(包括维吾尔等穆斯林各族)反清起义,迅速波及全疆各地。次年,浩罕军官阿古柏趁乱入侵南疆。居住在喀喇沙尔地区的旧土尔扈特南路四旗遭到战火蹂躏。面对灾难,他们派兵到前线作战,亦组织骑兵保护牧地。防线被破后,土尔扈特汗布彦乌勒哲依图带领部分属民冲出包围圈,逃到新疆北部的布伦托海一带避难。留在游牧地的蒙古民众有的被阿古柏侵略军杀害；有的被阿古柏军队强行征兵到南疆各地作战；有一部分人逃亡到伊犁、库尔喀喇乌苏等处避难。1877年清政府收复喀喇沙尔后,移居伊犁等处土尔扈特难民回到喀喇沙尔珠勒都斯游牧地。本文利用《钦定平定陕甘新疆回匪方略》、《清实录》等原始史料,还原旧土尔扈特南路四旗在回民起义中的遭遇过程,揭示新疆回民起义期间土尔扈特汗布彦乌勒哲依图及其福晋的应对措施与行迹；重点论述旧土尔扈特南路四旗属民流离失所后,旧土尔扈特南路四旗所发生的人口减少、经济贫困化、土尔扈特牧民被迫经营农业谋生等社会变化。本文正文共分四章。第一章概述了回民起义前的旧土尔扈特南路。第二章论述了清廷征调土尔扈特兵征剿回民起义及回民起义波及旧土尔扈特南路时土尔扈特汗逃出的情况。第三章论述了土尔扈特汗逃出后的行迹及所属部落流离失所的情况。第四章论述了回民起义对旧土尔扈特南路的影响。