中国自从加入世贸总协定以后，在出口与投资双轮驱动下，经济飞速发展，其中水运物流在物流行业上一直占据较大比重。伴随着水上物流业的高速发展，水运行业重要性日益明显。水运行业涉及到港口、航道、船舶、船员等多个方面，国内港航监管体制各有不同，各有利弊，期望在水运行业的监管方面需要建立以市场为导向的新型管理体制，来适应和促进行业的发展。对国内外学者在政府综合监管体制与电子政务应用两个方面的理论研究相关文献进行了回顾。目前的研究重点在于应用新公共管理的理论对监管业务的整合、流程再造，减少管理层级，以公众为中心，特别是属地化管理不能实现区域化资源共享。电子政务能够促进制度与政策的改进与实施，提高工作效率，方便沟通，提高公共服务的能力。浙江省是实行港航综合监管体制的代表，以浙江省嘉兴市为例进行实证研究，嘉兴港航局通过整合管理资源，调整部门管理职责，创新管理方式，推进电子政务发展，在一定程度上提高了港航综合监管水平。建立港航综合监管体制是符合现阶段港航部门便于开展签证、稽征、报港等多项工作综合办理的客观需求。对浙江船舶综合监管系统的运用进行绩效分析，得出在提升效能、节能减排、航运安全、规范征收等方面取得进步，同时存在水上监管体制划分不合理、管理机构内部设置不合理、电子政务呈现孤岛效应、综合监管存在局限性等一系列问题。目前，国内存在着多种水上监督管理体制，其中以直属海事局、江苏省和浙江省为代表。到底哪种监管体制比较适合呢？利用比较研究法对三种体制进行深入比较分析，得出三者之间的共同点、区别以及可供借鉴之处。最终在转变政府职能改革港航管理体制与科学推动电子政务建设两个方面，提出将海事部门合并，港口、航道设置因地制宜，船舶检验转为企业，取消水路运输管理部门以及电子政务发展要标准化，构建顶层设计具体等改革实施途径。以期通过此文和多方努力，建设服务型政府，促进中国港航部门的体制改革，适合未来中国水上交通行业发展带来的管理需求。