微外显子是一种长度小于51bp的外显子。在做基因组注释和转录组分析时,由于缺乏统计学特征,微外显子常常被忽略。虽然微外显子长度很短,且相关研究也比较少,但是对生物某些过程具有重要的调控作用。近年来,科研工作者发现人类神经系统中的微外显子与一些疾病相关,但植物中微外显子仅有少数报道。本研究基于水稻品种明恢63和珍汕97已有的基因组注释信息及RNA-seq数据对其微外显子进行了以下几个方面的研究。本研究通过使用RNA-seq数据对水稻明恢63和珍汕97两个品种的剑叶、穗和苗三种组织进行了微外显子的识别以及分析。分别预测出明恢63和珍汕97含有3410和3236个微外显子,其中新预测出的微外显子依次有267和237个。本研究对微外显子的可变剪接相关的特征进行了初步的分析总结。微外显子总体的长度集中于30～51bp(～87%);选择性剪接型的微外显子相比于其它类型的外显子拥有较高比例的严格剪接位点;组成型剪接型微外显子两侧拥有较短的内含子。本研究初步探索了微外显子的功能。82%的微外显子位于开放阅读框区域,但是只有32%左右的开放阅读框区域的微外显子是3的倍数。非3倍数的微外显子被剪接进转录本时可能会造成移码突变,这表明微外显子的剪接可能不利于所在转录本的翻译。通过分析微外显子所在的转录本的GO功能,发现在多种生物进程、生物反应、细胞组分中都有微外显子的存在,这说明微外显子广泛存在于不同功能的转录本中。明恢63和珍汕97的开放阅读框区域的微外显子都富集在DAHP合成酶、磷脂相关酶、NAD(P)结合相关结构域等重要的结构域。微外显子虽然很短,但是它可能在许多生物过程中起十分重要的作用。本研究通过计算可变剪接系数(PSI),发现微外显子有组织特异性。明恢63和珍汕97分别含有199和238个组织特异性的微外显子。通过皮尔逊相关系数的比较分析,发现微外显子的剪接情况也是有组织特异性的,且有些微外显子的可变剪接可能与温度和日照相关。本研究通过对7个近源稻属物种微外显子的同源序列进行比较分析,发现微外显子有较高的序列保守性。